耐寒睡莲能否正常生长，水位的控制是重要因素之一。耐寒睡莲随着生长期的不同对水位的要求各不相同，要注意对水位的控制。由于水温对睡莲的生长开花有直接影响，生长初期由于叶柄短，水位尽量浅，以不让叶片暴露到空气中为宜，以尽快提高水温，促进根系生长，提高成活率；随着叶片的生长，逐步提高水位，到达生长旺期，这样使叶柄增长，叶片增大，有助于营养物质储存；进入秋季，降低水位，提高水温，使叶片得到充足的光照，增强光合作用，以促进睡莲根茎和侧芽生长，提高翌年的繁殖体数量；秋末天气转凉后，逐渐加深水位，保持不没过大部分叶片为宜，以控制营养生长；水面结冰之前水位加深。